Sum veya medyan normalizasyon yöntemleri, teknik ve deneysel farkları dengelemek için kullanılır ve çoğu proteinin değişmediği varsayımına dayanır. Ancak proteomun büyük bir kısmının gerçekten değiştiği deneylerde bu yöntemler biyolojik değişimi bastırabilir. Kısacası biyolojik değişimin teknik/deneysel değişimden fazla olduğu durumlarda bu yöntemler yanlış yoruma liderlik edebilir. Örneğin LC-MS/MS analizinde, MS1 düzeyinde protein sinyallerinin bir koşulda genel olarak daha yüksek ya da daha düşük olduğu durumlarda, bu fark biyolojik olabilir. Ancak sum veya medyan normalizasyon, bu genel MS1 farkını teknik bir ölçüm hatası gibi düzelterek gerçek biyolojik etkiyi gizleyebilir.

Sum or median normalization methods are used to compensate for technical and experimental differences and are based on the assumption that most proteins are unchanged. However, in experiments where a large portion of the proteome is actually changed, these methods can suppress biological change. In short, in cases where biological change outweighs technical/experimental change, these methods may lead to misinterpretation. For example, in LC-MS/MS analysis, where protein signals at the MS1 level are generally higher or lower in one condition, this difference may be biological. However, sum or median normalization may mask the true biological effect by correcting this overall MS1 difference as a technical measurement error.