Hizalama çıktısı, çoklu dizi hizalamalarını görsel olarak daha kolay bir şekilde inceleyebilmek adına SeaView ile incelenmiştir. Bazı bölgelerde aynı pozisyonlarda korunmuş amino asitlerin bulunduğu gözlemlense de Homologues sayısı gözle karar vermek için fazla olduğundan PROSITe tan destek alınmıştır. PROSITE, proteinlerdeki fonksiyonel olarak önemli motifleri tanımlayan bir veri tabanıdır. Putative_Cox1 genine ait amino asit dizisi PROSITE’e yüklenmiş ve Cox1’e özgü profilin (PS50855) yüksek güvenle tespit edildiği görülmüştür. Sekans uzunluğunun fazla olması nedeniyle, farklı organizmalardan seçilen 10 homolog dizi birlikte analiz edilerek korunmuş bölgelerin daha net belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu yaklaşım, motiflerin farklı türlerde benzer pozisyonlarda yer alıp almadığını karşılaştırarak conserved bölgelerin doğrulanmasını sağlamıştır.

The alignment output was examined with SeaView to more easily visually examine multiple sequence alignments. Although it was observed that there were amino acids preserved in the same positions in some regions, support was received from PROSITE since the number of Homologues was too high to be determined visually. PROSITE is a database that identifies functionally important motifs in proteins. The amino acid sequence of the Putative_Cox1 gene was uploaded to PROSITE and the Cox1-specific profile (PS50855) was detected with high confidence. Due to the long sequence length, 10 homologous sequences selected from different organisms were analyzed together to determine the protected regions more clearly. This approach enabled verification of conserved regions by comparing whether motifs were located in similar positions in different species.