SWISS-MODEL ile verilen protein dizisi, uygun homolog template’ler seçilerek modellenmiştir. Ayrıca, AlphaFold2 ve Alphafold3 yapıyı template kullanmadan tahmin etmiştir. Bu durum, template-temelli ve AI-tabanlı yaklaşımların doğrudan karşılaştırılmasını sağlamıştır. Template seçiminde sequence identity, coverage ve kalite skorlarının (GMQE, QSQE) yüksek olması dikkate alınmıştır çünkü bu parametreler modelin yapısal güvenilirliğini belirler. SWISS-MODEL tarafından önerilen modeller arasında, yüksek kalite (QMEANDisCo ~0.74) ve kapsama sunan 7U9K-temelli model en uygun aday olarak belirlenmiştir. 7U9K, ligand-bağlı homodimerik bir yapıdır. ATP, D-Ala-D-Ala ve Mg$^{2+}$ içermesi, fonksiyonel konformasyonu temsil eder ve aktif bölge modellemesini destekler. 7U9K yaklaşık %37 sequence identity göstermektedir. Bu orta düzey benzerlik, özellikle düşük korunmuş bölgelerde model doğruluğunu sınırlayabilir. 2I87 ise ikinci bir homolog referans olarak kullanılmıştır. Bu yapı, alternatif bir konformasyon sağlayarak modelin karşılaştırmalı değerlendirilmesine olanak tanır.

The protein sequence given with SWISS-MODEL was modeled by selecting appropriate homologous templates. Additionally, AlphaFold2 and Alphafold3 predicted the structure without using a template. This enabled a direct comparison of template-based and AI-based approaches. In template selection, high sequence identity, coverage and quality scores (GMQE, QSQE) were taken into account because these parameters determine the structural reliability of the model. Among the models recommended by SWISS-MODEL, the 7U9K-based model was identified as the most suitable candidate, offering high quality (QMEANDisCo ~0.74) and coverage. 7U9K is a ligand-linked homodimeric structure. The inclusion of ATP, D-Ala-D-Ala, and Mg$^{2+}$ represents the functional conformation and supports active site modeling. 7U9K shows approximately 37% sequence identity. This intermediate level of similarity may limit model accuracy, especially in low-conservation regions. 2I87 was used as a second homologous reference.This structure provides an alternative conformation, allowing comparative evaluation of the model.