Türkçe
Ligandın (lig.mol2) proteine bağlanma konumunu tahmin etmek için SwissDock yazılımını kullanıldı. Aramayı tüm proteinde rastgele yapmak yerine spesifik bir bölgeye daraltmak için PyMOL üzerinden, 2i87ye ait, Sülfat (SO4) iyonunun merkez koordinatları (cmd.get_position()) tespit edildi ve bu veri SwissDock'a “search space” olarak girildi. Sonuç olarak yazılım, ligandın cebe yerleşebileceği 94 farklı konformasyon (pose) hesapladı. SwissDock, algoritması gereği pozları en düşük bağlanma enerjisinden en yükseğe göre sıralar. Termodinamik kurallara göre, düşük enerji, doğada gerçekleşmesi en muhtemel ve kararlı bağlanma durumunu temsil eder. Bu doğrultuda, analiz için 1. poz (Cluster 0) seçildi.
İngilizce
SwissDock software was used to predict the protein binding position of the ligand (lig.mol2). In order to narrow down the search to a specific region rather than randomly across the entire protein, the center coordinates (cmd.get_position()) of the Sulfate (SO4) ion of 2i87 were determined via PyMOL and this data was entered into SwissDock as “search space”. As a result, the software calculated 94 different poses in which the ligand could fit into the pocket. According to its algorithm, SwissDock ranks the poses from lowest binding energy to highest. According to thermodynamic rules, low energy represents the most likely and stable bonding state to occur in nature. Accordingly, pose 1 (Cluster 0) was selected for analysis.
Cumleceviri.gen.tr | Türkçe-İngilizce Cümle Çeviri Kullanımı?
Yapılan tüm cümle çevirileri veritabanına kaydedilmektedir. Kaydedilen veriler, herkese açık ve anonim olarak web sitesinde yayınlanır. Bu sebeple yapacağınız çevirilerde kişisel bilgi ve verilerinizin yer almaması gerektiğini hatırlatırız. Kullanıcıların çevirilerinden oluşturulan içeriklerde argo, küfür, cinsellik ve benzeri öğeler bulunabilir. Oluşturulan çeviriler, her yaş ve kesimden insanlar için uygun olamayabileceğinden dolayı, rahatsızlık duyulan hallerde web sitemizin kullanılmamasını öneriyoruz. Kullanıcılarımızın, çeviri yaparak eklemiş olduğu içerikler de, telif hakkı ve ya kişiliğe hakaret ve benzeri öğeler bulunuyorsa, →"İletişim" elektronik posta adresinden iletişime geçebilirsiniz.
Google dahil üçüncü taraf tedarikçiler, kullanıcıların web sitenize veya diğer web sitelerine yaptığı önceki ziyaretleri temel alan reklamlar yayınlamak için çerez kullanmaktadır. Google'ın reklam çerezlerini kullanması, Google ve iş ortaklarının kullanıcılara siteniz ve/veya internetteki diğer sitelere yaptıkları ziyaretleri temel alan reklamlar sunmasına olanak tanır. Kullanıcılar Reklam Ayarları sayfasını ziyaret ederek kişiselleştirilmiş reklamcılığı devre dışı bırakabilir. (Alternatif olarak, üçüncü taraf tedarikçilerin kişiselleştirilmiş reklamcılık için çerezleri kullanmasını devre dışı bırakmak isteyen kullanıcılar www.aboutads.info web adresini ziyaret edebilirler.)