Genomun sadece dizi farklılıkları değil, fiziksel yapısındaki değişimler de adaptasyon hızını etkiler. Kromozomal yeniden düzenlenmeler, özellikle inversiyonlar, bu süreçte kritik bir rol oynar. Bir kromozom bölgesinin tersine dönmesi, o bölgedeki genler arasında gerçekleşen crossing-over yani rekombinasyon sürecini baskılar. Rekombinasyonun baskılanması sonucunda, belirli özellikleri birlikte kontrol eden genler birbirinden ayrılmaz. Örneğin, belirli bir renk deseni ile bu renge uyumlu beslenme davranışı aynı gen grubunda korunur. Bu genler birlikte kalıtılarak “süpergen” olarak kalıtılır. Bu yapısal varyantlar, melezlenme gerçekleşse bile adaptif özelliklerin popülasyon içinde bozulmadan korunmasını sağlar.

Not only sequence differences but also changes in the physical structure of the genome affect the speed of adaptation. Chromosomal rearrangements, especially inversions, play a critical role in this process. Inversion of a chromosome region suppresses the crossing-over process, that is, recombination, between the genes in that region. As a result of recombination suppression, genes that together control certain traits are not separated from each other. For example, a particular color pattern and feeding behavior compatible with that color are maintained in the same gene group. These genes are inherited together as a “supergene”. These structural variants ensure that adaptive traits are maintained intact within the population even if interbreeding occurs.