Diğer yandan, cichlid genomlarındaki protein kodlayan genlerin çok benzer olması, morfolojik farklılıkların gen diziliminden çok genlerin express edilme biçimindeki farklılıklara dayandığını gösterir. Cichlid genomlarında yüksek sayılarda bulunan transpoze edilebilir elementler (TE’s) bu farklılığın etkenlerindendir. TE’ler hareketli DNA parçalarıdır ve genom içinde yer değiştirerek veya kopyalanarak genlerin yakınına yeni düzenleyici bölgeler ekler. Bu bölgeler arasında bir genin ifade edilmesini başlatan DNA bölgesi yani “promoter” ve gen ifadesinin ne kadar güçlü gerçekleşeceğini belirleyen düzenleyici bir element yani “enhancer” dizileri bulunur. Bu yapıların eklenmesiyle aynı gen, farklı dokularda veya gelişim aşamalarında farklı şekilde ifade edilir. Böylelikle, yeni fenotipler meydana gelir.

On the other hand, the fact that protein-coding genes in cichlid genomes are very similar indicates that morphological differences are based on differences in the way genes are expressed rather than gene sequence. Transposable elements (TE's) found in high numbers in cichlid genomes are among the factors of this difference. TEs are mobile DNA fragments that are translocated or copied within the genome, adding new regulatory regions near genes. These regions include the "promoter", the DNA region that initiates the expression of a gene, and the "enhancer" sequences, a regulatory element that determines how strong the gene expression will be. By adding these structures, the same gene is expressed differently in different tissues or stages of development. Thus, new phenotypes occur.